Es lógico considerar que los ancestros de los organismos modernos eran muy sencillos. Entre los organismos modernos, las formas mas simples de vida celular son los procariotes. Recuerda que estas células carecen de envoltura nuclear así como de otros organelos membranosos, como mitocondrias, retículo endoplásmico· cloroplastos y complejo de Golgi
Los eucariotes (células con núcleo verdadero) aparecieron en el registro paleontológico hace 1500 a 1700 millones de años. La teoría endosimbiótica, sugiere que las mitocondrias, los cloroplastos y quizás incluso los centríolos y los flagelos pueden haberse originado a partir de relaciones simbióticas entre dos organismos procarióticos. De este modo, los cloroplastos se consideran antiguas bacterias fotosintéticas (pero por lo general no cianobacterias), y las mitocondrias, antiguas bacterias aerobias. Estos endosimbiontes fueron “ingeridos” originalmente por la célula huésped pero no digeridos. Sobrevivieron y se reprodujeron junto con la célula huésped, de modo que las generaciones sucesivas de esta también contenían endosimbiontes. Los dos organismos desarrollaron una relación mutualista, y con el tiempo el endosimbionte perdió la capacidad de vivir fuera de su huésped.
Esta teoría estipula que cada uno de estos socios aportó a la relación algo de lo que el otro carecía. Por ejemplo, las mitocondrias dieron la capacidad de realizar la respiración aerobia, de la que carecía la célula huésped original; los cloroplastos dieron la capacidad de realizar la fotosíntesis. La célula huésped proporcionó un hábitat seguro y materias primas o nutrimentos.
La principal prueba en favor de la teoría endosimbiótica es que mitocondrias y cloroplastos tienen su propio ADN (en un cromosoma circular, de manera muy parecida a como ocurre en los procariotes) y sus propios ribosomas (parecidos a los ribosomas procarióticos más que a los eucarióticos). Además, es posible matarlos con un antibiótico que afecte a bacterias pero no a células eucarióticas. Mitocondrias y cloroplastos están protegidos por una doble membrana. Se cree que la membrana externa se desarrolló por la invaginación de la membrana plasmática de la célula huésped, y que la interna se formó a partir de la membrana plasmática del endosimbionte.
Sin embargo esta teoría no explica como el material genético en el núcleo llegó a rodearse de una membrana nuclear.
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